Dalam perkembangan berdirinya yayasan, akan menemukan berbagai permasalahan selama menjalankan operasionalnya. Ada beberapa permasalahan yang berujung pada pembubaran yayasan. Adapun beberapa alasan bubarnya yayasan diatur dalam Bab X Pasal 62 Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 Tentang Yayasan, yakni sebagai berikut:

1. Jangka waktu yang ditetapkan dalam Anggaran Dasar berakhir; 
2. Tujuan Yayasan yang ditetapkan dalam Anggaran Dasar telah tercapai atau tidak      tercapai
3. Putusan Pengadilan yang telah memperoleh kekuatan hukum tetap berdasarkan alasan: Yayasan melanggar ketertiban umum dan kesusilaan, Tidak mampu membayar utangnya setelah dinyatakan pailit, Harta kekayaan Yayasan tidak cukup untuk melunasi utangnya setelah pernyataan pailit dicabut.

Proses Pembubaran Yayasan
Prosedur Pembubaran yayasan dapat dilakukan bila Rapat Pembina yang dihadiri oleh para pendiri telah memenuhi kuorum dan para pembina menunjuk likuidator untuk menyelesaikan kekayaan yayasan.
Tugas likuidator adalah untuk memenuhi semua kewajiban keuangan yayasan termasuk membayar utang. Setelah semua kewajiban dipenuhi dan masih tersisa aset, aset tersebut dapat dijual oleh likuidator setelah mendapat kuasa dari pihak pembina.
Yang ditunjuk sebagai likuidator apabila yayasan bubar adalah:

1. Pembina. Ini bisa dilakukan jika yayasan bubar disebabkan oleh pasal 62 ayat 1 dan ayat 2, tentang kekayaan pribadi yang dipisahkan dari yayasan.
2. Pengurus. Pengurus bisa menjadi likuidator apabila tidak ada yang ditunjuk sebagai likuidator pada saat yayasan bubar.
3. Pihak Ketiga. Pihak ketiga atau pihak lain yang ditunjuk sebagai likuidator berdasar putusan pengadilan.
4. Pihak Kejaksaan. Apabila alasan pembubaran yayasan disebabkan karena yayasan melanggar ketertiban umum dan kesusilaan, pihak kejaksaan menjadi pihak yang tepat untuk menjadi pemohonnya. Ini disebabkan kejaksaan mewakili kepentingan umum.
5. Kreditur yayasan. Apabila yayasan bubar karena tidak mampu membayar utangnya setelah dinyatakan pailit ataupun setelah pernyataan pailit dicabut, maka kreditur yayasan dapat mengajukan permohonan pembubaran yayasan. Ini disebabkan kreditur memiliki kepentingan untuk membubarkan yayasan tersebut.

Perlu diketahui bahwa yayasan yang bubar ini tidak dapat melakukan perbuatan hukum, kecuali untuk menyelesaikan hal terkait kekayaannya selama proses likuidasi. Semua proses surat keluar harus mencantumkan  “dalam likuidasi” di belakang nama yayasan. Selain itu, pada yayasan yang pailit tersebut berlaku ketentuan menurut undang-undang kepailitan.
Selanjutnya apa saja yang perlu dilakukan oleh likuidator yang telah ditunjuk? Berikut penjelasannya.

1. Dalam waktu 5 hari sejak likuidator ditunjuk, likuidator wajib mengumumkan pembubaran yayasan beserta proses likuidasinya di surat kabar berbahasa      Indonesia. Hasil likuidasi ini nantinya juga wajib untuk diumumkan di surat kabar tersebut.
2. Apabila proses likuidasi telah selesai, likuidator wajib untuk melaporkan hasilnya kepada Dewan Pembina Yayasan serta mengajukan pembubaran tersebut kepada Departemen Hukum dan HAM.

Diatas adalah prosedur dalam pembubaran yayasan yang perlu diketahui bagi para pihak yang berkepentingan dalam hal tersebut.